work.c

В функции work() мы зададим для канала 4 таймера №4 (синий светодиод) значение 1000, что эквивалентно постоянно включенному светодиоду.

/* tim4 load values to ccr1..4 */
    TIM4->CCR1 = 500;
    TIM4->CCR2 = 0;
    TIM4->CCR3 = 0;
    TIM4->CCR4 = 1000;

И добавим включение HSE, также не забыв об ожидании стабилизации:

* enable HSE and wait to ready */
    RCC->CR |= RCC_CR_HSEON;
    while ((RCC->CR & RCC_CR_HSERDY) == 0);

Для ФАПЧ переключим тактирование на этот источник тактового сигнала:

/* switch plls clock to hse */
    RCC->PLLCFGR |= RCC_PLLCFGR_PLLSRC_HSE;